AFLP/SSR mapping of resistance genes to Alectra vogelii in cowpea (Vigna unguiculata l. Walp)

Abstract

The parasite weed Alectra vogelii (Benth) causes significant yield reduction of cowpea in Africa. To find and map the resistance gene to A. vogelii in cowpea, a F2 population from a cross involving a resistant parent IT81D-994 and a susceptible TVX3236 was screened. Amplified fragment length polymorphism (AFLP) in combination with Single Sequence Repeat (SSR) analysis was used to identify markers that may be linked to the gene Rav3 conferring resistance to A. vogelii in the cowpea cultivar IT81D-994. The analysis of F2 individuals scored for resistance showed
that a single dominant gene conditioned A. vogelii resistance in IT81D-994 with a probability of 30 to 50%. Sixty-six AFLP/SSR markers were identified. Using MAPMAKER, four linkage groups were found. The first group showed 33 markers linked to the susceptible gene. The closest identified marker was 21.4 centimorgans away from the susceptible gene. The primer combination that showed the closest linkage was 809ACG8 (E-ACG 8 + UBC-809). The second group indicated 4 markers linked together while the third and the fourth groups showed 2 markers linked
together respectively. No markers were found linked to the resistance gene Rav3 conferring the resistance in the cultivated cowpea cultivar IT81D-994.

La plante parasite Alectra vogelii (Benth) provoque une réduction significative du rendement de niébé en Afrique. Pour repérer et cartographier le gène de résistance à A. vogelii, une population F2 issue d’un croisement impliquant le cultivar résistant IT81D-994 et le cultivar sensible TVX3236 a été criblée. La technique Amplified fragment length polymorphism (AFLP) en combinaison avec des Séquences Simples Répétés (SSR) a été utilisée pour identifier les marqueurs qui seraient liés au gène Rav3 qui confère la résistance à A. vogelii chez le cultivar de niébé IT81D- 994. L’analyse des individus F2 montrant une résistance indique qu’un seul gène dominant conditionne la résistance à A. vogelii chez IT81D-994 avec une probabilité de 30 à 50 %. Soixante six marqueurs AFLP/SSR ont été identifiés. A l’aide de MAPMAKER, 4 groupes de liaison ont été trouvés. Le premier groupe montre 33 marqueurs liés au gène sensible. Le marqueur le plus proche identifié est à 21.4 centimorgans du gène sensible. La combinaison d’amorces ayant des liaisons les plus proches était 809ACG8 (E-ACG 8 + UBC-809). Le second
groupe montre 4 marqueurs liés ensemble tandis que le troisième et le quatrième groupe montrent 2 marqueurs liés entre eux respectivement. Aucun marqueur n’a été trouvé lié au gène Rav3 qui confère la résistance au cultivar de niébé cultivé IT81D-994.

Key words: Parasite, weeds, legumes, molecular markers