The Africa Bird Data packages: African citizen science bird data in R Science citoyenne en Afrique et bases de données d’oiseaux: Les African Bird Data packages pour R

Abstract

The African Bird Atlas Project (ABAP) and the Coordinated Waterbird Counts (CWAC) are the main citizen science bird monitoring programmes in southern Africa. ABAP data are collected by volunteers that compile bird lists over a grid of geographic areas known as pentads, resulting in millions of records that are key to studying bird distribution. In contrast, CWAC collects data on waterbird abundance at a selection of wetlands twice a year, offering important data on waterbird population dynamics. ABAP and CWAC data are extensively used in research. They also provide the evidence base for conservation decisions, site management and national reporting obligations against international agreements. The respective project websites provide distribution maps, summary statistics and basic data download features. However, a more advanced use of these data for modelling and their incorporation into analytical workflows requires flexible and direct access to the databases. The Africa Bird Data R packages presented here provide an important functionality to download and process data directly into the analytical software R. Apart from accessing the databases, there are functions that help with the analysis of these data by incorporating model covariates or formatting data for R packages that are popular for the analysis of this kind of data. Our objective is to make African bird data more accessible and easier to work with in order to unlock their full potential for research, and to inform management and conservation actions.

Le African Bird Atlas Project (ABAP – Projet Atlas des Oiseaux d’Afrique) et le Coordinated Waterbird Counts (CWAC – Comptage Coordonné des Oiseaux Aquatiques) sont les principaux programmes de suivi des oiseaux par les citoyens en Afrique australe. Les données de l’ABAP sont collectées par des volontaires qui compilent des listes d’oiseaux sur une grille de zones géographiques connues sous le nom de pentades. Cela permet d’obtenir des millions de registres qui sont essentiels pour étudier la distribution des oiseaux. En revanche, le CWAC recueille deux fois par an des données sur l’abondance des oiseaux aquatiques dans une sélection de zones humides, ce qui permet d’obtenir des données importantes sur la dynamique des populations. Les données ABAP et CWAC sont largement utilisées dans la recherche. Elles constituent également une base de données pour la prise de décisions en matière de conservation, de la gestion des sites et des obligations nationales en matière de rapports dans le cadre des accords internationaux. Les sites web des projets respectifs fournissent des cartes de distribution, des statistiques sommaires et des fonctions de téléchargement de données de base. Cependant, une utilisation plus avancée de ces données pour la modélisation et leur incorporation dans des flux de travail analytiques nécessite un accès flexible et direct aux bases de données. Les African Bird Data packages présentés ici offrent une fonctionnalité importante pour télécharger et traiter les données directement dans le logiciel analytique R. Outre l’accès aux bases de données, il existe des fonctions qui aident à l’analyse de ces données, notamment en incorporant des covariables de modèle ou en formatant les données pour les packages R populaires pour l’analyse de ce type de données. Notre objectif est de rendre les données sur les oiseaux africains plus accessibles et plus faciles à utiliser afin de libérer tout leur potentiel pour la recherche et d’informer les actions de gestion et de conservation.