Etude de la variabilite moleculaire du groupe acmv des begomovirus, du manioc (Manihot esculenta crantz) au Togo

Abstract

Plusieurs Begomovirus responsables de la maladie de la mosaïque du manioc (CMD (Cassava mosaic disease)) ont été rapportées en Afrique. Au Togo, les résultats d’une première étude épidémiologique menée sur la variabilité biologique et sérologique des Begomovirus du manioc ont indiquée que ACMV (African cassava mosaic virus) est le Begomovirus prédominant avec 74% des échantillons analysés. Ce présent travail, qui, est une suite des premiers résultats qui ont révélé une variabilité biologique des isolats ACMV identifiés, a pour objectif de mettre en évidence la variabilité moléculaire des isolats de ACMV au Togo. Pour ce faire, des produits de PCR obtenus à partir d’amorces spécifiques en se basant sur les gènes de la CP, ont été soumis au séquençage direct. Les séquences obtenues ont été soumises à l’analyse phylogénétique utilisant l'option des clusters d'alignement multiple de séquences et la méthode de parcimonie cladistique. Les résultats obtenus de l’analyse phylogénétique, ont indiqué que les isolats de ACMV qui infectent le manioc au Togo, comparés aux isolats de GenBank, sont spécifiques au Togo, et qu’il y a beaucoup de groupes (clusters) et sous-groupes (sous clusters) qui restent à déterminer. Et d’autre part, ces groupes ne sont pas spécifiques à une zone agroecologique donnée. Ces résultats permettent de dire que la variabilité des isolats de ACMV jouerait un rôle important dans le nouveau développement de la maladie de CMD au Togo et c’est un paramètre à prendre en compte dans la recherche de cultivars résistants ou tolérants à cette maladie.

Mots clés: Begomovirus, manioc, phylogénétique, Togo, variabilité moléculaire

English Abstract

Several Begomovirus species and strains causing Cassava mosaic disease (CMD) have been reported from cassava in Africa. In Togo, results of a first epidemiologic study initiated on the biological and serologic variability of Begomovirus of cassava indicated that ACMV (African cassava mosaic virus) is the dominant Begomovirus with 74% of the analyzed samples. This present work which in fact, is a continuation of the first results which revealed a biological variability of the identified ACMV isolates, aims the molecular variability of ACMV isolates in Togo. For this purpose, PCR products obtained from specific primers based on the genes of the CP, were submitted to direct sequencing. The sequences thus obtained were subjected to the phylogenetic analysis using the cluster option of multiple sequence alignment and a cladistic parsimony method.

The results obtained from the phylogenetic analysis, indicated that the ACMV isolates which are infecting cassava in Togo, compared with the isolates of GenBank, are specific to Togo, and which there is many groups (clusters) and sub-groups (sub-clusters) which remain to be determined. And in addition, these groups are not specific to an agroecologic zone. These results make it possible to say that the variability of ACMV isolates would play a significant role in the new development of the disease of CMD in Togo and it is a parameter to be taken into account in the search for resistant or tolerant cultivars to this disease.

Keywords: Begomovirus, cassava, phylogenetic, Togo, molecular variability