Assessment of genetic diversity of native chicken (Gallus gallus domesticus) population in Central African Republic

Abstract

In the Central African Republic (CAR), poultry production primarily relies on indigenous chicken (Gallus gallus domesticus) as a raw genetic resource that has never been characterised despite its great genetic and economic potential in rural and periurban areas. The present study assessed the genetic diversity of native chicken in CAR using 16 microsatellite markers. Blood samples were randomly collected on FTA filter cards from 205 adult native chickens from two agroecological zones out of four in CAR, including 102 from the forest and 103 from the savannah. Sixteen microsatellite markers could amplify, giving a coverage rate of 61.54% of the SSR panel used. A low but positive Fis mean value (0.16) suggested a low inbreeding and a weak reduction in Heterozygosity of individuals due to non-random mating within each population. Overall genetic diversity (0.54), Heterozygosity (0.45) and allele frequency (0.61) confirmed a moderate to high genetic variation within the CAR indigenous chicken population. The molecular variance was more significant within individuals (81%) than among individuals (16%) and between populations (3%). Evanno’s method shows that the likely number of sub-populations is 2 as influenced by the agroecological zone while Structure showed admixture between the two populationsdespite the low observed inbreeding. These results suggest a weak structuring of the CAR native chicken population and great possibilities for selection and genetic improvement. However, SSR markers are neutral and further studies need to be done using functional markers to detect functional and productivity genes relevant to disease resistance, environmental resilience and production traits. 

En République Centrafricaine (RCA), la production avicole repose principalement sur la poule locale dite indigène (Gallus gallus domesticus). Cette ressource n’a jamais été génétiquement caractérisée malgré l’énorme potentiel économique découlant de son exploitation en milieu rural et périurbain. Cette étude avait pour but d’évaluer la diversité génétique de la poule locale en RCA par génotypage à l’aide de 16 marqueurs microsatellites. Des échantillons de sang ont été prélevés au hasard sur 205 sujets adultes provenant de deux des quatre zones agroécologiques de RCA, dont 102 en zone forestière et 103 en savane. Les résultats ont révélé que 16 marqueurs microsatellites ont été amplifiés avec un taux d’amplification de 61,54 % des marqueurs recommandés pour l’espèce poule. La valeur moyenne du Fis a été faible et positive (0,16) suggérant une faible consanguinité et une faible réduction de l’hétérozygotie. La diversité génétique globale (0,54), l’hétérozygotie moyen (0,45) et la fréquence allélique élevée (0,61) ont confirmé une variabilité génétique modérée à élevée au sein de la population de poule locale de la RCA. La variance moléculaire au sein de l’individu a été très élevée (81 %) qu’entre individus (16 %) et entre populations (3 %). La méthode d’Evanno montre que le nombre probable de sous-populations est de 2, tandis que la structure génétique a confirmé un brassage de deux sous populations et une faible consanguinité observée. Ces résultats suggèrent une faible structuration de la population de poules originaires de RCA et une possibilité de sélection et d’amélioration génétique. Cependant, les microsatellites étant des marqueurs neutres, des études supplémentaires doivent être réalisées à l’aide des marqueurs fonctionnels pour détecter les gènes utiles en vue de l’amélioration des performances de production et d’adaptabilité .