Caractérisation des isolats de Phytophthora spp du verger cacaoyers de Côte d’Ivoire

Abstract

Objectifs : La pourriture brune des cabosses due à Phytophthora spp. est l’affection la plus répandue et la plus importante dans la cacaoculture ivoirienne. Cette étude a été réalisée pour caractériser et identifier les isolats de Phytophthora spp à partir des caractères morphologiques et moléculaires.
Méthodologie et résultats : Cinquante isolats provenant des principales zones (Est, Centre-Ouest, et Sudouest) du verger cacaoyers de la Côte d’ivoire ont été isolés à partir de cabosses immatures atteintes de pourriture brune. Les caractères phénotypiques asexués et moléculaires à savoir : la longueur, la largeur, le rapport longueur/largeur des sporocystes, la longueur du pédicelle, la forme et la caducité des sporocystes, le type de colonie et l’analyse des fragments de restriction de l’ADN des régions ITS (Espaceur Interne Transcrit) ont été évalués. Les sporocystes des isolats étudiés apparaissaient très variables dans leur forme d’un isolat à un autre. Ils étaient de forme ovoïde, ellipsoïde, obpyriforme, ovoïde-obpyriforme et arrondis à leur base. Les sporanges des isolats observés étaient caducs donc éparpillés avec un pédicelle court (2,92 ± 1,18 Gm). Les sporanges étaient également variables par leur taille, variant entre 33,25 à 55,00 Gm en longueur et entre 21,99 à 34,37 Gm en largeur avec un rapport longueur/largeur variant de 1,23 à 1,94. Les colonies sur culture carotte-agar brut étaient radiées, striés et/ou stellées, et pétaloïdes. L’amplification par ITS-PCR de l’ADN a généré un fragment spécifique de 900 bp. L’analyse des fragments de restriction obtenus après digestion par les endonucléases (AluI ; PvuII ; HaeIII ;HinfI et MspI) a montré que tous les isolats étudiés appartenaient à l’espèce Phytophthora palmivora.
Conclusion et application de résultats : Il ressort de notre étude que la technique PCR-RFLP a été plus discriminante par rapport aux méthodes traditionnelles pour caractériser et identifier les isolats de Phytophthora spp. Les résultats montrent également que la technique PCR-RFLP est un moyen rapide sélectif et fiable dans l’identification des Phytophthora spp. En outre, cette méthode peut être utilisée comme outil de prévention et de gestion dans la lutte contre la pourriture brune des cabosses. Cette étude a confirmé la présence de Phytophthora palmivora comme l’espèce la plus prédominante bien que Phytophthora megakarya ait été récemment découverte dans l’Est du verger cacaoyers.

Mots clés : pourriture brune ; sporange ; pédicelle ; papille ; Phytophthora spp ; région ITS ; PCR-RFLP