Variabilité génétique des accessions d’igname Dioscorea alata L. introduites au Bénin à partir des Îles du Sud-Pacifique

Abstract

Objectif: L’igname est l’une des plus importantes cultures vivrières à tubercules en Afrique de l’Ouest, en particulier au Bénin. Dans le but de renforcer la variabilité génétique des ignames cultivées D. alata (L.) au Bénin, une collection de 21 accessions a été récemment introduite des îles du Sud-Pacifique grâce à une coopération CIRAD-Institut National de Recherche Agricole du Bénin (INRAB). Le présent travail a pour objectif d’évaluer la variabilité génétique au sein de cette collection afin de favoriser son utilisation rationnelle.
Méthodologies et résultats : Pour cette investigation, 10 marqueurs microsatellites et 17 traits agromorphologiques ont été utilisés. Une variation phénotypique significative a été observée dans la collection, notamment au niveau de nombreux attributs qualitatifs. Sur le plan moléculaire, un total de 40 allèles a été détecté avec en moyenne 4 allèles par locus. Neuf des 10 marqueurs microsatellites SSR utilisés se sont révélés discriminants avec une valeur moyenne du Potentiel en Information du Polymorphisme (PIC) estimée à 0,239. Les similarités génétiques estimées entre les accessions varient amplement (0,11 – 0,87), suggérant qu’une importante diversité existe dans la collection. L’étude de la structuration de cette variabilité génétique permet de classer les accessions en trois classes phénotypiques et deux groupes génétiques différents au sein de la collection.
Conclusion : Ces résultats ont montré que les accessions introduites sont morphologiquement et génétiquement très diversifiées et contribuent donc significativement au renforcement de la diversité génétique des ignames cultivées au Bénin.

Mots clés : Agro-morphologie, Bénin, D. alata, Diversité génétique, Îles Pacifiques, SSRs

Abstract

Objective: Yam is one of the most important tuber crops grown in West Africa, in particular in Benin. In order to reinforce the genetic variability of water yam D. alata (L.) cultivated in Benin, a collection of 21 accessions was recently introduced from the South Pacific Islands through the cooperation of CIRAD and National Institute of Agricultural Research of Benin (INRAB). The objective of this study was to assess the genetic diversity in this collection for favoring its rational use.
Methodology and results: To conduct this investigation, ten microsatellites loci and 17 agro-morphological traits were used. A significant phenotypic variation was observed within the collection, mainly at many qualitative attributes. At molecular level, a total of 40 alleles was detected with an average allele number of 4 per locus. Nine of 10 microsatellites used were found to be discriminative with a mean value of Polymorphic Information Content (PIC) estimated at 0.239. Genetic similarities estimated between the accessions varied widely (0.11- 0.87), suggesting that an important genetic variability exist in the collection. The inference of the structure of such genetic variability revealed the existence of two genetic groups organized into three phenotypic classes within the collection.
Conclusion: These results revealed that the introduced accessions are morphologically and genetically well diversified and thus will contribute significantly in reinforcing the existing local water yam genetic diversity in Benin.

Key words: Agro-morphology, Benin, D. alata, Genetic Diversity, Pacific Islands, SSRs