Diversité génétique du Cytochrome B et relations évolutives entre les races locales ovines sahéliennes du Sénégal Genetic diversity of Cytochrome B and evolutionary relationships between Senegalese Sahelian local sheep breeds

Abstract

La connaissance de la diversité génétique des animaux d’élevage est un impératif pour leur bonne gestion. Au Sénégal, les pratiques d'élevage notamment l'amélioration génétique par la sélection sur les races locales ovines seraient à l'origine de la diversité phénotypique observée. Cependant, peu d'études génétiques ont été entreprises. L'objectif de cette étude était de contribuer à la caractérisation génétique des races locales ovines Peul-peul, Touabire et Ladoum du Sénégal. L’échantillonnage a été conduit dans les régions de Dakar et Thiès pour la race Ladoum et dans la région de Louga pour les races Peul-peul et Touabire. Dans chaque troupeau, au plus 3 animaux non apparentés ont été choisis. Le matériel biologique était constitué du sang total prélevé au niveau de la veine jugulaire des animaux. Le gène ciblé pour cette étude était le Cytochrome B. Les résultats obtenus ont révélé une plus grande diversité du Cytochrome B au sein de la population Peul-peul et la plus faible dans la population Ladoum. En effet, le mouton Peul-peul a présenté 24% de sites polymorphes et des diversités haplotypique et nucléotidique de 0,911±0,054 et 0,069±0,035. Par contre, 7% de sites variables ont été recensés dans la population Ladoum avec des valeurs de diversités haplotypique et nucléotidique respectives de 0,789±0,086 et 0,009±0,005. L’analyse phylogénétique a révélé deux lignées maternelles, l’une constituée par la population Peul-peul et l’autre regroupant les populations Touabire et Ladoum avec des introgressions entre clades. Les pratiques d’élevage seraient à l’origine de la diversité et de la structuration génétique des races ovines sahéliennes du Sénégal.

Knowledge of the genetic diversity of farm animals is an imperative for their better management. In Senegal, breeding practices in particular genetic improvement through selection of local sheep breeds would be at the origin of the observed phenotypic diversity. However, few genetic studies have been undertaken. The objective of this study is to contribute to the genetic characterization of Senegalese local sheep breeds, Peul-Peul, Touabire and Ladoum. Sampling was conducted in the Louga region for the Peul-Peul and Touabire breeds and in Dakar and Thiès regions for the Ladoum breed. In each herd, at most 3 unrelated animals were chosen. The biological material consisted of whole blood taken from the jugular vein of the animals. The gene targeted for this study is Cytochrome B. The results showed a greater diversity of Cytochrome B within the Peul-Peul population and the lowest in the Ladoum population. Indeed, Peul-Peul sheep presented 24% of polymorphic sites, haplotypic and nucleotide diversity of 0.911±0.054 and 0.069±0.035. In contrast, 7% of variable sites were identified in the Ladoum population with respective haplotypic and nucleotide diversity values of 0.789±0.086 and 0.009±0.005. Phylogenetic analysis revealed two maternal lineages, one constituted by the Peul-Peul population and the other grouping together the Touabire and Ladoum populations with introgressions between clades. Breeding practices would be at the origin of the diversity and genetic structuring of Senegalese Sahelian sheep breeds.