Modélisation moléculaire empirique par Dynamique Moléculaire de molécules de procyanidines B2-diméthyles par le champ de forces SPASIBA

Abstract

Le champ de forces empiriques SPASIBA nous a permis de modéliser des édifices de type procyanidine B2-diméthyle dans le but d’identifier les structures probables de ces modèles retrouvés dans le milieu intérieur (plasma). Six modèles possibles ont été établis. Ce sont le procyanidine B2-diméthyle 1, le procyanidine B2- diméthyle 2, le procyanidine B2-diméthyle 3, le procyanidine B2-diméthyle 4, le procyanidine B2-diméthyle 5 et le procyanidine B2-diméthyle 6. La simulation par Dynamique Moléculaire s’est faite sur un temps d’une nanoseconde (1ns) avec une température de simulation de 300 Kelvin (K) constante et un volume constant. Les milieux de simulations sont la phase gaz (ε = 1), le milieu biologique implicite (ε = 4) et le milieu hydraté implicite (ε = 80). Les caractéristiques structurales et énergétiques ont montré que les modèles types de molécules procyanidine B2-diméthyl dans le milieu intérieur seraient le procyanidine B2-diméthyle 1 et le procyanidine B2-diméthyle 2 susceptibles d’être synthétisés dans l’optique de réduire éventuellement leur affinité vis-à-vis du fer non héminique (Fe³⁺, Fe²⁺) dans l’organisme. 

Mots clés : Champs de forces SPASIBA, modèles procyanidines B2-diméthyles, Dynamique Moléculaire, simulation, fer non héminique (Fe³⁺, Fe²⁺)