SARS CoV2 RT-PCR cycle threshold (Ct) values and the risk of developing acute respiratory distress syndrome in patients with Covid19

Abstract

Background: SARS-CoV-2 viral loads may aid in the risk stratification of patients with COVID-19. Methods. 486 patients tested positive for SARS Cov2 by real time RT-PCR were included in this study. All the tests were performed on nasopharyngeal swabs during the first week after symptom onset using Sansure Biotech™ SARS Cov2 real time RT-PCR kits. Patient’s condition was monitored over a period of one month after the onset of symptoms.

Results: The mean Ct value in the group of patients who developed acute respiratory distress syndrome (ARDS +) was 18.27 (95% CI: 17.43-19.10) while for the ARDS- group it was 33.06 (95% CI: 32.77-33.34).

Discussion: The Ct values in the group of patients who developed ARDS (ARDS +) were significantly lower than those observed in the ARDS- group. By setting a cut-off value, the determination Ct values (on a qualitative technique) from nasopharyngeal swabs performed during the first week after symptom onset will assist clinicians in risk-stratifying patients.

Conclusion: Our data show that the determination of SARS CoV2 RT-PCR cycle threshold values from nasopharyngeal swabs performed during the first week after symptom onset may aid in the risk stratification of patients with COVID-19

French title: Valeurs des cycles seuils (Ct) de la RT-PCR du SARS CoV2 et le risque de développer un syndrome de détresse respiratoire aiguë chez les patients atteints de Covid19

Contexte: Les charges virales du SRAS-CoV-2 peuvent aider à la stratification du risque chez les patients atteints de COVID-19.

Méthodes: 486 patients testés positifs pour le SRAS-CoV2 par RT-PCR en temps réel ont été inclus dans cette étude. Tous les tests ont été réalisés sur des écouvillons nasopharyngés au cours de la première semaine après l'apparition des symptômes à l'aide des kits de RT-PCR en temps réel Sansure Biotech™ SARS Cov2. L'état des patients a été suivi sur une période d'un mois après l'apparition des symptômes.

Résultats: La valeur moyenne de Ct dans le groupe de patients ayant développé un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA +) était de 18,27 (IC 95 % : 17,43-19,10) tandis que pour le groupe (SDRA -) elle était de 33,06 (IC 95 % : 32,77-33,34).

Discussion: Les valeurs de Ct dans le groupe de patients ayant développé un SDRA (SDRA +) étaient significativement plus basses que celles observées dans le groupe (SDRA-). En fixant une valeur seuil, la détermination des valeurs de Ct (selon une technique qualitative) à partir d'écouvillons nasopharyngés réalisés au cours de la première semaine après le début des symptômes aidera les cliniciens à stratifier les patients en fonction du risque.

Conclusion: Nos données montrent que la détermination des valeurs des cycles seuils de la RT-PCR du SARS Cov2 à partir d'écouvillons nasopharyngés réalisés au cours de la première semaine après l'apparition des symptômes peut aider à la stratification du risque chez les patients atteints de COVID-19.