Evaluation of the antimicrobial susceptibility testing process in clinical microbiology laboratories at Niamey, Niger

Abstract

Background: Risk assessment is the means of identifying and evaluating potential errors or problems that may occur in testing process. The aim of this study was to perform risk assessment of antimicrobial susceptibility testing (AST) process in clinical microbiology laboratories of Niamey, Niger Republic.
Methodology: We conducted a descriptive cross-sectional study from October 1 to December 31, 2019, to evaluate AST performance in seven clinical microbiology laboratories at Niamey, the capital city of Niger republic. The evaluation focused on the determination of the criticality index (CI) of each critical point (frequency of occurrence of anomalies, severity of the process anomaly, and detectability of the anomaly during the process) in the AST process and the performance of the AST through an observation sheet using two reference strains; Escherichia coli ATCC 25922 and Staphylococcus aureus ATCC 29213.
Results: The criticality index (CI) was greater than 6 for most of the critical points related to material, medium, equipment, method and labour for the AST process in all the laboratories. A range of 18-100% errors on the inhibition zone diameters of the reference strains were observed. Major and/or minor categorization (Sensitive S, Intermediate I and Resistance R) discrepancies were found at all the laboratories for either one or both reference strains. The antibiotics most affected by the S/I/R discrepancies were trimethoprim (100%), vancomycin (100%), amoxicillin (80%) and amoxicillin + clavulanic acid (70%).
Conclusion: This study showed a deficiency in the control of critical control points that impacts the performance of the AST reported by the laboratories in Niger. Corrective actions are needed to improve the performance of AST in clinical microbiology laboratories in Niger.

French title: Evaluation du processus de réalisation de l’antibiogramme dans les laboratoires d’analyses de biologie médicale de la ville de Niamey, Niger

Contexte: L'évaluation des risques est le moyen d'identifier et d'évaluer les erreurs ou les problèmes potentiels qui peuvent survenir dans le processus de test. L'objectif de cette étude était de réaliser une évaluation des risques du processus d'antibiogramme (ABG) dans les laboratoires de microbiologie clinique de Niamey, en République du Niger.
Méthodologie: Nous avons mené une étude transversale descriptive du 1er octobre au 31 décembre 2019 pour évaluer la performance des ABG dans sept laboratoires de microbiologie clinique à Niamey, capitale de la république du Niger. L'évaluation a porté sur la détermination de l'indice de criticité (IC) de chaque point critique (fréquence d'apparition des anomalies, gravité de l'anomalie du processus et détectabilité de l'anomalie au cours du processus) dans le processus et la performance des AGB à travers une fiche d'observation en utilisant deux souches de référence; Escherichia coli ATCC 25922 et Staphylococcus aureus ATCC 29213.
Résultats: L'indice de criticité était supérieur à 6 pour la plupart des points critiques liés au matériel, au milieu, à l'équipement, à la méthode et à la main-d'oeuvre pour le processus AST dans tous les laboratoires. Une fourchette d'erreurs de 18 à 100% sur les diamètres des zones d'inhibition des souches de référence a été observée. Des écarts de catégorisation majeurs et/ou mineurs (Sensible: S, Intermédiaire: I et Résistance: R) ont été constatés dans tous les laboratoires pour l'une ou les deux souches de référence. Les  antibiotiques les plus touchés par les écarts S/I/R étaient la triméthoprime (100%), la vancomycine (100%), l'amoxicilline (80%) et l'amoxicilline + acide clavulanique (70%).
Conclusion: Cette étude a montré une déficience dans le contrôle des points de contrôle critiques qui a un impact sur la performance de l'antibiogramme rapportée par les laboratoires au Niger. Des actions correctives sont nécessaires pour améliorer la performance des ABG dans les laboratoires de microbiologie clinique au Niger.