Co-infections of MERS-CoV with other respiratory viruses in Saudi Arabia

Abstract

Background: The Middle East Respiratory Syndrome (MERS) is a viral respiratory disease caused by a member of the coronaviruses called Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV). The co-infections of MERS-CoV with other respiratory viruses have been documented in rare cases in the scientific literature. This study was carried out to determine whether confection of MERS-CoV occurs with other respiratory viruses in Saudi Arabia.
Methods: Nasopharyngeal swabs samples of 57 MERS-CoV positive outpatients were collected using flocked swabs. Nucleic acid was extracted from each sample using commercial NucliSens easyMAG system. Amplification was performed by multiplex RT-PCR using Fast Track Diagnostics Respiratory Pathogen 33. Data were analyzed with SPSS software version 19 and comparison of variables was done with Fisher Exact test, with p value <0.05 considered significant.
Results: Six of the total 57 MERS-COV patients (35 males, 22 females) were positive for co-infection of MERS CoV with other respiratory viruses, giving a prevalence rate of 10.5%, with 14.5% (5/35) in males and 4.5% (1/22) in females (OR=3.500, 95% CI=0.3806-32.188, p=0.3889). The prevalence of co-infections was significantly higher among non-Saudis (23.8%, 5/21) than Saudis (2.8%, 1/36) (OR=0.09143, 95% CI=0.009855-0.8485, p=0.0217), and among the age group 18-34 years (25%, 3/12) than other age groups (X2=3.649, p=0.1613). Human rhinovirus (HRV) was found in 2 of the 6 (33.3%) patients with co-infection while the other viruses were found in each of the remaining 4 patients.
Conclusion: Our study confirms that MERS-CoV co-infects with other respiratory viruses in Saudi Arabia.

Keywords: MERS-CoV; URTI; Co-infection; Coronavirus

French title: Co-infections de MERS-CoV avec d'autres virus respiratoires en Arabie saoudite

Contexte: Le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) est une maladie respiratoire virale causée par un membre des coronavirus appelé coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV). Les co-infections de MERS-CoV avec d'autres virus respiratoires ont été documentées dans de rares cas dans la littérature scientifique. Cette étude a été réalisée pour déterminer si la confection du MERS-CoV se produit avec d'autres virus respiratoires en Arabie saoudite.

Méthodes: Des écouvillons nasopharyngés de 57 patients ambulatoires positifs au MERS-CoV ont été prélevés à l'aide d'écouvillons floqués. L'acide nucléique a été extrait de chaque échantillon en utilisant le système NucliSens easyMAG commercial. L'amplification a été réalisée par RT-PCR multiplex en utilisant Fast Track Diagnostics Respiratory Pathogen 33. Les données ont été analysées avec le logiciel SPSS version 19 et la comparaison des variables a été effectuée avec le test Fisher Exact, avec une valeur p<0,05 considérée comme significative.

Résultats: Six des 57 patients MERS-COV (35 hommes, 22 femmes) étaient positifs pour la co-infection de MERS CoV avec d'autres virus respiratoires, donnant un taux de prévalence de 10,5%, avec 14,5% (5/35) chez les hommes et 4,5% (1/22) chez les femelles (OR 3.500, 95% CI 0.3806-32.188, p=0.3889). La prévalence des co-infections était plus élevée chez les non-saoudiens (23.8%, 5/21) que chez les saoudiens (2.8%, 1/36) (OR=0.09143, 95% CI=0.009855-0.8485, p=0.0217) et parmi le groupe d'âge de 18 à 34 ans (25%, 3/12) que dans les autres groupes d'âge (X2=3.649, p=0.1613). Le rhinovirus humain (VRC) a été trouvé chez 2 des 6 (33,3%) patients co-infectés tandis que les autres virus ont été trouvés chez chacun des 4 patients restants.

Conclusion: Notre étude confirme que le MERS-CoV co-infecte avec d'autres virus respiratoires en Arabie Saoudite.

Mots-clés: MERS-CoV; URTI; Co-infection; Coronavirus