Molecular characterization of extended spectrum beta-lactamase among clinical multidrug resistant Escherichia Coli in two hospitals of Niamey, Niger

Abstract

Objective: The aim of this study was to identify the multiple ESBL genes in Multidrug-resistant (MDR) Escherichia coli isolated in various biological samples in two hospitals of Niamey.
Methodology: A total of 195 multidrug-resistant Escherichia coli were included in the study. These isolates were tested using polymerase chain reaction (PCR) for detection of the presence of bla CTX-M, bla TEM, bla SHV and bla OXA-1 beta-lactamase genes.
Results: A total of 27.7% of Escherichia coli isolates were ESBL producing strains. Globaly, the bla TEM gene was the most prevalent (70.3%) followed by bla CTX-M (43.1%), bla OXA-1 (31.8%) and bla SHV (4.1%) genes. The four genes type of ESBL were founded simultaneously only in stool samples. Furthermore, none bla SHV gene was found in other samples type.
Conclusion: This study showed the presence of various ESBL genes among clinical MDR Escherichia coli. That is why a rational use of antibiotic and appropriate methods of screening ESBL genes in routine laboratories in Niger is needed to control the ESBL genes dissemination.

Keywords: MDR ,Escherichia coli, ESBL, bla genes, PCR, Niamey, Niger.

Caracterisation moleculaire des betalactamases a spectre etendu chez les souches de Escherichia coli multi resistantes dans deux hopitaux de Niamey, au Niger

Objectifs: Le but de cette étude était d'identifier les multiples gènes de BLSE chez les souches de Escherichia coli multi résistantes isolées de différents types d’échantillons biologiques dans deux hôpitaux de Niamey.
Méthodologie : Un total de 195 Escherichia coli multi résistants a été inclus dans l'étude. Ces isolats ont été testés par la réaction de polymérase en chaîne (PCR) pour détecter la présence des gènes bla CTX-M, bla TEM, bla SHV et bla OXA-1.
Résultats : Au total, 27,7% des isolats de Escherichia coli multi-résistants étaient des souches productrices de BLSE. Globalement le gène bla TEM (70,3%) était le plus détecté suivi des autres gènes bla CTX-M (43,1%), bla OXA-1 (31,8%) et bla SHV (4,1%). Notons que seul dans les échantillons de selles quatre types de gènes de BLSE ont été trouvés simultanément. Par ailleurs notons qu’aucun gène de type bla SHV n'a été trouvé dans les autres types d'échantillons.
Conclusion : Cette étude avait montré la présence de divers gènes de BLSE chez les souches cliniques de Escherichia coli. C'est pourquoi une utilisation rationnelle des antibiotiques et des méthodes appropriées de dépistage des gènes de BLSE dans les laboratoires sont nécessaires afin de contrôler la diffusion des gènes de BLSE.

Mots clés : Escherichia coli multi résistantes, BLSE, gènes bla, PCR, Niamey, Niger