Identification moléculaire des souches de mycobactéries

Abstract

L’identification moléculaire des souches de mycobactéries disponibles dans notre laboratoire a été réalisée. L’amplification par PCR des gènes de hsp, ARNr16S, espaceurs intergéniques ARNr16S-23S suivie de l’électrophorèse sur gel d’agarose des fragments obtenus avec les oligonucléotides Tb11 et Tb12, 248 et 42, Int16S et Int23S, révèle la constance dans la taille des fragments pour toutes les souches et par paire d’oligonucléotides. Ces résultats sont confirmés par la RFLP qui ne montre pas de différences significatives entre les différentes souches. Dans ce cas la discrimination des souches est difficile, on peut penser qu’il s’agit d’un seul genre. Par contre la taille des fragments obtenus avec les oligonucléotides H49 et H50, GyrAF et GyrAR permet de distinguer trois groupes de souches, les souches 6PY, C-8, C-18, et C-19 forment un premier groupe, les souches BHF004, C-20 et SPYR forment un deuxième groupe, et enfin la souche PYR-1 forme un troisième groupe.
Le séquençage et l’alignement multiple avec Clustal des séquences en comparaison d’une part avec Mycobacterium gilvum pour le premier groupe et d’autre part avec Mycobacterium vanbaalenii et Mycobacterium austroafricanum pour le deuxième groupe, confirment par le taux de similarité élevé (99- 100%) cette classification. Un arbre phylogénétique basée sur les séquences partielles du gène hsp65, permet de situer les nouvelles par rapport aux autres mycobactéries .Cela corrobore bien avec nos résultats, tout en confirmant la cohérence de ces trois espèces dans le genre monophylétique Mycobacterium.

Mots-clés : mycobactéries, oligonucléotides, amplification par PCR, séquençage, alignement multiple.